احدهای اطلاعات عملیات پس از گذشت حدود 3 ماه از شروع جنگ، در تمامی محورهای جنوب (از آبادان تا دزفول) با قدرت تمام مستقر شدند و نسبت به شناسایی و تعیین وضعیت دشمن و ارسال گزارش آن اقدام کردند. با این تلاش، اطلاعات چشم فرماندهی در میدان جنگ شد و یکی از ضعفهای بزرگ – نداشتن اطلاع از وضعیت دشمن – برطرف گردید.
شهید باقری علاوه برا ارائه اطلاعات، توان و استعداد ذاتی بالایی در تحلیل اطلاعات دشمن داشت و اغلب حرکات احتمالی دشمن در آینده را پیش‌بینی می‌نمود و حتی به زمان و مکان آن هم اشاره می‌کرد. از آن جمله پیش‌بینی وی در دی ماه سال 1359 مبنی بر حرکت دشمن جهت الحاق محور شمال – جنوب منطقه سوسنگرد برای ارتباط جفیر و بستان بود. که دشمن در کمتر از یک هفته با نصب پلهای نظامی متعدد و تلاش گسترده این کار را انجام داد.
از اقدامات بسیار موثر شهید باقری که در این دوره پایه‌ریزی شد، بایگانی اسناد جنگ، ترجمه اسناد و بخش شنود بی‌سیم های دشمن بود.
از دیگر فعالیت های وی طراحی گردان های رزمی و تعیین ترکیب سازمان نفرات و تجهیزات و ادوات رزمی و واحدهای پشتیبانی از رزم بود.